تجهیزات و امکانات اتاق‌های عمل مرکز ناباروری حضرت مریم (س) مطابق با استانداردهای روز دنیا است. کادر مجرب پرستاری و اتاق عمل مرکز که دوره‌های آموزشی مختلف مرتبط با درمان ناباروری را گذرانده‌اند، در کنار متخصصین در اتاق عمل ارائه خدمت می‌کنند. اتاق عمل تخمک کشی و انتقال جنین با آزمایشگاه جنین‌شناسی ارتباط دارد که سبب تسریع گردش کار و مهار دقیق‌تر آلودگی در نمونه‌ها و اتاق عمل می‌شود. مجموعه خدمات مرتبط با درمان ناباروری IUI, IVF, ICSI, GIFT, ZIFT, PESA, TESE و عمل جراحی لاپاروسکوپی، هیستروسکوپی، کورتاژ تشخیصی و سایر جراحی‌های تخصصی و فوق تخصصی در ارتباط با درمان ناباروری در اتاق‌های عمل مرکز ناباروری حضرت مریم (س) قابل انجام است.